与此同时，他们也在寻找机会反击。在激烈的交火中，一名队员发现了能量装置的控制线路，他冒着危险冲过去，试图破坏控制线路。

“我去破坏控制线路，你们掩护我！”队员喊道。

其他队员立刻集中火力，压制神秘组织成员的攻击，为这名队员争取时间。在队友的掩护下，队员成功接近能量装置，破坏了控制线路。能量光束停止了发射。

“干得好！趁现在，抓住首领！”特种部队队长喊道。

队员们迅速朝着首领冲过去。神秘组织的成员们拼死阻拦，但特种部队凭借着强大的战斗力，逐渐突破了他们的防线。就在他们即将抓住首领时，首领突然启动了一个传送装置，消失在了众人面前。

“不好，让他跑了！”特种部队队长懊恼地说道。

不过，科研人员在大厅中发现了一些重要线索。他们在能量控制台的数据库中找到了关于神秘组织计划的详细信息。原来，神秘组织一直在研究如何唤醒这股古老力量，他们认为只有通过重塑宇宙秩序，才能实现所谓的“完美宇宙”。而这股强大的神秘能量波动，正是他们唤醒古老力量的第一步。

“我们必须尽快阻止他们进一步唤醒古老力量，否则宇宙将会面临灭顶之灾。”科研人员说道。

行动小组迅速将这一重要信息传回宇宙联合组织总部。凌风得知后，决定发动全面进攻，彻底摧毁神秘组织的基地，阻止他们的疯狂计划。

宇宙联合组织集结了大规模的联合舰队，向着“暗影之渊”进发。联合舰队由各种先进的战舰组成，配备了最强大的武器系统。

当联合舰队到达“暗影之渊”时，神秘组织已经做好了全面防御的准备。黑暗堡垒的能量护盾重新开启，防御炮台和机械生物严阵以待。

“全体舰队，听令！开启最强护盾，准备战斗！这次我们一定要彻底消灭敌人，拯救宇宙！”联合舰队指挥官下达命令。

联合舰队的战舰迅速展开攻击阵型，朝着黑暗堡垒开火。激光束、高能粒子炮等各种武器齐发，与黑暗堡垒的防御系统展开了激烈的交火。

“集中火力攻击能量护盾，不要给他们喘息的机会！”联合舰队指挥官喊道。

在联合舰队的强大火力攻击下，黑暗堡垒的能量护盾开始出现波动。神秘组织也不甘示弱，他们操控着防御炮台和机械生物，对联合舰队进行疯狂反击。战场上能量光芒闪烁，爆炸声震耳欲聋。

就在战斗进入白热化阶段时，神秘组织的首领再次出现。他站在黑暗堡垒的顶部，手中拿着一个神秘的装置，口中念念有词。随着他的动作，那股强大的神秘能量波动再次增强，并且开始朝着联合舰队涌来。

“不好，他在利用神秘能量波动攻击我们！全体舰队，加强护盾防御，同时寻找机会攻击首领！”联合舰队指挥官喊道。

联合舰队的护盾在神秘能量波动的冲击下剧烈颤抖，能量数值不断下降。科研人员迅速分析神秘能量波动的特性，试图找到应对之策。

“神秘能量波动的频率与我们的量子纠缠能量武器存在一定的关联，我们可以调整武器频率，对其进行反向干扰！”科研人员说道。

联合舰队迅速调整量子纠缠能量武器的频率，发射出一道道干扰波。干扰波与神秘能量波动相互碰撞，产生了强烈的能量反应。神秘能量波动的攻击势头得到了一定程度的遏制。

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“继续攻击，不要停！我们一定要突破他们的防御！”联合舰队指挥官喊道。

在联合舰队的顽强攻击下，黑暗堡垒的能量护盾终于被打破。联合舰队的战舰趁机发动冲锋，冲向黑暗堡垒。特种部队再次登陆堡垒，与神秘组织展开了最后的决战。