5)与T790M状态无关的TTP密切相关，与最近的一份报告一致。

拷贝数分析发现，WGD是常见的，与治疗初期EGFR突变肿瘤中观察到的比率(88vs.89)相当。然而，在7名(12)没有WGD的患者中，所有人都是T790M(嵌入图像测试，P0.04)，并且有EGFR外显子19的缺失，这表明WGD的缺失预示着T790M耐药疾病的出现。在T790M和T790M肿瘤之间，基因组不稳定指数(Gii；中位数分别为52和55)没有差异，也没

有发现TP53共突变与Gii增加相关。T790M患者的肿瘤突变负荷高于T790M患者(TMB中位数为2.36vs.1.66个突变/Mb，P0.02，图1C；补充图1C、S9A)，可能是由于T790M队列中的吸烟者数量较多

接下来，我们检查了T790M患者3q23(包含PIK3CB、MRAS和FOXL2等基因)和T790M患者14q21(包含FOXA1和NKX21)与T790M状态揭示扩增相关的反复焦点扩增和缺失事件(补充图S10)。值得注意的是，3QARM扩增在T790M组(57)高于T790M组(13)，并且是唯一有统计学意义的ARM水平事件(图1E，EmeTESTP≤0.001)。我们证实了染色体3Q基因(包括SOX2)在3Q臂增加的患者中有较高的表达(补充图S11C)。为了了解TKI治疗后这些染色体水平改变可能获得的程度，我们再次与治疗前的队列进行了比较。在治疗初始队列中，38例中有7例(18)出现了3Q增加(补充图S3)肿瘤。这一结果明显低于T790M(P0.003)，但与T790M患者相似(P0.53)，提示3Q扩增可能是T790M肿瘤特异获得的。有趣的是，染色体3Q含有鳞状细胞系转录因子TP63和SOX2，是肺鳞状细胞癌的主要特征，但以前与肺腺癌无关。

接下来，我们研究了与EGFRTKI耐药相关的突变过程。在肺腺癌中发现了公认的突变特征，即衰老、APOBEC、DNA双链断裂修复、吸烟和DNA错配修复。与T790M相比，EGFRT790M耐药肿瘤对衰老信号的相对贡献率更高，这与EGFRT790M点突变的三核苷酸背景下AG的最高概率核苷酸变化一致(补充图3S12和S13)。相反，与T790M肿瘤相比，非衰老特征(吸烟、载脂蛋白BEC和DNA修复)在T790M中的比例显著高于T790M肿瘤，暗示了驱动T790M抗性的另一种突变过程。总体而言，这表明T790M耐药性可能不太可能出现在具有较大比例的活跃的非衰老突变特征(例如吸烟/APOBEC特征)的肿瘤中。

我们使用WES数据估计了每个肿瘤样本的癌细胞比例(纯度)，并使用转录组去卷积方法Tumera估计和比较了T790M和T790M肿瘤中癌症和间质(非恶性)细胞中的基因表达。值得注意的是，我们推测在T790M肿瘤的癌细胞中，肺腺癌标志基因如NAPSA、NKX21、SFTA2和SFTA3的表达普遍且几乎完全丧失。此外，我们观察到鳞状细胞癌或神经内分泌癌的组织学标志基因在一小部分T790M肿瘤中的表达增加(n4，27。这些发现得到了多重免疫荧光的正交验证，证实了与T790M肿瘤相比，T790M癌细胞中NAPSA和NKX21(TTF1)的表达降低(图2D；补充图S14)。值得注意的是，对三个未接受治疗的NSCLC腺癌队列的分析表明，低腺癌标志物基因(NAPSA和NKX21)的表达非常罕见，仅在EGFR野生型肿瘤中观察到(图2F)。总而言之，这些数据突显了TKI耐药后获得性谱系可塑性以前被低估的程度，特别是